牛首山位于南京城南20公里处，因双峰对峙，形如牛的一对犄角而得名。牛首山又被俗称为牛头山，在刘兰芳讲的评书《岳飞传》中岳飞与金兀术大战牛头山即指此山，现山中还有岳飞抗金垒。牛首山又被称为天阙山。当年东晋刚建立时，晋元帝想在宫门外建一对阙楼，以体现皇室威仪。宰相王导认为政权初创，国家财力不足，没必要马上建造。一天王导陪同晋元帝走出皇宫晋阳门，那天天气晴好，远远看见正对着宫门的牛首山双峰对峙，王导指着前处说：“此天阙也，岂烦改作”，故得名天阙山。
南朝时有一位高僧辟支在牛首山山洞修行，后立地成佛，人们在此建立了牛首山第一座寺庙佛窟寺。唐朝时高僧法融在此山授徒传法，创立牛头宗。此时牛首山与西北的清凉山、西南的峨眉山成为全国最负盛名的三大佛教名山之一。
到了近代，牛首山逐渐荒落。后牛首山发现铁矿，经1937-1945，1957-1980二次大规模开采，不但铲平东峰，还下挖出一个深达60米的矿坑。2010年佛祖顶骨舍利在南京盛世重光，宗教界、文物界、以及市委领导共同决定在牛首山建造佛顶宫安置佛顶舍利，并同时建造佛顶寺和佛顶塔。
佛顶寺
佛顶寺位于牛首山的南坡，是护持舍利僧团的弘法道场。整个寺庙是仿唐风格，采用传统中轴对称格局。殿堂巍峨，佛像庄严。
佛顶塔
佛顶塔九级四面，塔高88米，也是一座仿唐代风格的建筑。佛顶塔一到七层每层有七幅佛教经典事迹壁画 ，第八层安置有一口全铜铸的大铜钟，钟上刻有《金刚经》全文。塔顶第九层供奉了一尊毗卢遮那佛。登塔可眺望南京南郊美景。
佛顶宫的外部空间由粉色大穹顶和金色小穹顶等部分组成。小穹顶有如佛祖发髻，上面的金属曲面单个看就像是双手合十的造型，寓意众生对佛祖的礼拜，同时小穹顶也像一颗摩尼宝珠。小穹顶下方是莲花宝座，“莲花托珍宝”的用梵文表示就是唵（ông）嘛（má）呢（ní）叭（ba）咪（mi）吽（hông）这六字真言。粉色的大穹顶好似佛祖的袈裟覆盖在小穹顶之上，寓意着佛祖对众生的护持。
佛顶宫大小穹顶合在一起就犹如一座山峰，刚好位于已被开采的牛首山原东峰位置，从而使牛首山再次形成双峰对峙的历史格局。“补天阙”正是牛首山的设计理念。
围绕佛顶宫一圈是象征佛陀无量智慧的56座飞天菩提门以及象征吉祥如意的56根云门如意柱。飞天手中持有不同的供养物。分别是一组捧花，一组捧果。花代表因，果实代表果。佛家讲究因果循环，有因有果。
美仑美奂的环形长廊。长廊内侧有31幅壁雕，有四幅经变图，八幅不同语种的心经， 15幅中华名寺浮雕，另外还有金陵四景的浮雕，分别是：牛首山、紫金山、玄武湖与秦淮河。
佛顶宫内部地面三层是禅境大观。南面的无忧树代表佛祖的诞生。北面的菩提树代表佛祖的成道，而大厅顶部枝枝YY的构件好像娑椤树杈，代表佛祖的涅槃。
禅境大观中间的卧佛造型是借鉴于敦煌莫高窟158号窟中的卧佛塑造的。如果我们从上向下俯瞰，会看到佛祖的袈裟就好像是菩提叶，整个造型看起来就是佛祖躺在莲花台上，身上覆盖着菩提叶，寓意着吉祥。光线从佛顶宫顶部的透光材料照射到佛祖身上，刚好寓意佛光普照。
禅境大观墙上这幅《南朝四百八十寺》丝毯画它是由江苏如皋丝毯艺术博物馆20多名手工艺人用61根不同色线排列组合形成了1000多种色相，再打2400万个结，终于形成了这幅全世界最大的丝毯画。
位于佛顶宫地下五层的千佛殿是世界上唯一用实体建筑加佛像的方式展示了密宗金刚界曼荼罗第四供养会。参加这个供养会的共有大日如来等37尊佛菩萨。
位于中间的舍利大塔表示的就是大日如来，佛经中说：“见塔如见佛”。塔高21.8米，由塔座、塔身、塔刹三部分组成。塔刹内的水晶球直径1.5米，是目前国内最大的牟尼宝珠。
万佛廊是围绕着千佛殿的一条环形回廊。在回廊的内外两侧有佛龛，供奉的是十二生肖的本命八尊佛，每一位信众都可以在这里找到自己的本命佛。
舍利藏宫又称佛宝层，位于佛顶宫负六层，这里是珍藏佛祖顶骨舍利的地方，一年只对公众开放21天。整体以暗色调为主，营造出庄重的氛围。。
藏宫大殿正中的舍利宝幢里供奉的就是当世仅存的佛教界至圣之宝佛祖顶骨舍利。大殿四周还贡奉有大智文殊师利菩萨，大行普贤菩萨，大悲观世音菩萨和大愿地藏王菩萨。
