加上此前横琴和前海两个合作区的方案（下面简称“横琴方案”、“前海方案”），粤港澳大湾区三大重大平台至此均拥有了“专项方案”。三大自贸区同台竞技，各显风采，它们又有什么不同呢？简单说说。
一、定位不同
三大方案都旨在推动粤港澳大湾区发展，特别是港澳融合到大湾区发展。所不同的是，“前海方案”偏重于深港发展，“让香港发展空间更大”；“横琴方案”则侧重于粤澳发展，“促进澳门经济适度多元发展”；而“南沙方案”，则是“立足湾区、协同港澳、面向世界”，让南沙成为了粤港澳大湾区三大自贸区里，唯一一个面向世界的粤港澳全面合作区。
中山大学岭南学院经济学系教授林江认为，前海、横琴分别是针对香港、澳门的重要平台，而南沙串联粤港澳，成为香港、澳门更好融入国家发展大局的重要载体和有力支撑，携手港澳建成高水平对外开放门户，粤港澳全面合作的重要平台。
二、面积不同
“横琴方案”将横琴总面积约106平方公里的土地定位深度合作区——澳门陆地面积仅为32.9平方公里。其中，横琴与澳门特别行政区之间设为“一线”；横琴与中华人民共和国关境内其他地区之间设为“二线”。
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“前海方案”将前海总面积由14.92平方公里扩展至120.56平方公里，面积在原基础上扩大8倍，比“粤澳深度合作区”大一点，这为深港合作提供更为广阔的发展空间。
“南沙方案”实施范围为南沙全域803平方公里，但以中国（广东）自由贸易试验区南沙片区的南沙湾、庆盛枢纽、南沙枢纽3个区块作为先行启动区，总面积约23平方公里。
相较而言，立足于803平方公里的空间优势，南沙的发展空间无疑更加广阔，不过在未来几年的日子里，大动作还是局限在“23平方公里”里面，而横琴、前海则没有这方面的制约，更有利于空间整合利用。
三、产业发展方向不同
1、横琴
“横琴方案”提出，在合作区发展科技研发和高端制造、中医药等澳门品牌工业、文旅会展商贸、现代金融四大类产业。科技研发和高端制造业是创新发展的重要载体，也是澳门希望发展的领域；文旅会展商贸业在澳门具有比较好的发展基础，属于相对优势产业；金融和中医药在澳门经济的比重中，目前虽然还不高，但是澳门社会已经形成了广泛的共识，将这些产业作为发展的主攻方向。
可以看到，这些产业即便放在北上广深任何一个城市，都属于前瞻甚至超前的产业。为何要放在先天条件并不突出的横琴呢？这是国家提高了横琴定位，寄予厚望并提出了提升路径。说明白一点，除了文旅会展商贸，其他产业如中医药、现代金融、高科技及高端制造业等，横琴还需要努力发展。
2、前海
“前海方案”提出，推动现代服务业与制造业融合发展，促进“互联网+”、人工智能等服务业新技术新业态新模式加快发展；聚焦人工智能、健康医疗、金融科技、智慧城市、物联网、能源新材料等港澳优势领域；大力发展海洋科技，加快建设现代海洋服务业集聚区，打造以海洋高端智能设备、海洋工程装备、海洋电子信息（大数据）、海洋新能源、海洋生态环保等为主的海洋科技创新高地。
但归结起来，前海是深港合作区，尤其聚焦现代服务业领域。深圳市发展改革委主任郭子平在“前海方案”发布会上介绍，现代服务业始终是前海不变的发展方向和要求，深圳支持前海大力发展金融、物流、信息、科技和专业服务等方面现代服务业，推动深港产业合作发展能级不断提升，既有的产业支持政策同步会覆盖到扩区后的全部区域。
3、南沙
“南沙方案”提出，南沙将聚焦科技创新产业合作基地、青年创业就业合作平台、高水平对外开放门户、规则衔接机制对接高地和高质量城市发展标杆五大重点任务。
从产业布局看，南沙将重点发展智能制造产业、数字产业和海洋产业，包括加快建设智能网联汽车产业园，推进智能纯电动汽车研发和产业化，加强智能网联汽车测试示范，打造智能网联汽车产业链和智慧交通产业集群；加快下一代互联网国家工程中心粤港澳大湾区创新中心建设，加快建设南沙（粤港澳）数据服务试验区，建设国际光缆登陆站等。
四、税收制度不同
前海方面，早在2012年6月底，国务院批复的关于支持前海开发开放的22条先行先试政策中，就包括了“双15%”税收优惠政策。
横琴方面，对合作区符合条件的产业企业减按15%的税率征收企业所得税；对在合作区工作的境内外高端人才和紧缺人才，其个人所得税负超过15%的部分予以免征。
南沙方面，“南沙方案”提出对先行启动区鼓励类产业企业减按15%税率征收企业所得税，并按程序制定优惠产业目录。对在南沙工作的港澳居民，免征其个人所得税税负超过港澳税负的部分。
即是说，税收优惠政策，南沙用了十年，终于拉平了与前海的距离，而相较于横琴，还略显“保守”：个人所得税优惠方面，横琴境内外人才都可以享受，而南沙只是“对在南沙工作的港澳居民”才能享受。
