微波杀菌是利用了电磁场的热效应和生物效应的共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质变化，使细菌失去营养，繁殖和生存的条件而死亡。
微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电位分布，影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制。
微波杀菌设备杀菌温度低，速度快，使物体能内外整体杀菌，不破坏物体原有的营养成份、色泽、口感和天然风味。可用于各种粉状，颗粒状，片状或胶体状的食品，药品，调味品等需要杀菌的产品
1、时间短、速度快常规热力杀菌是通过热传导，对流或辐射等方式将热量从食品表面传至内部，要达到杀菌温度，往往需要较长时间。微波杀菌是微波能与食品及其细菌等微生物直接相互作用，热效应与非热效应共同作用，达到快速升温杀菌目的，处理时间大大缩短，各种物料的杀菌作用一般在3-5分钟。
2、低温杀菌保持营养成分和传统风味微波杀菌是通过特殊热和非热的效应杀菌，与常规热力杀菌比较，能在比较低的温度和较短的时间获得所需的消毒杀菌效果。一般杀菌温度在75-80摄氏度，就能达到效果，此外微波处理食品能保留更多的营养成分和色、香、味、形等风味，具有膨化效果。
3、节约能源常规热力杀菌往往在环境及设备上存在热损失，而微波是直接对食品进行作用，因而没有额外的热能耗损。相比而言，一般可节电30％-50％。
4、均匀常规热力杀菌是从物料表面开始，然后通过热传导至内部，存在内外温差。为了保持食品风味，缩短处理时间。
往往食品内部没有达到足够温度而影响杀菌效果。由于微波肯有穿透作用，对食品进行整体处理时，表面和内部同时受到作用，所以消毒杀菌均匀。
5、便于控制微波干操杀菌处理，设备能即开即用，没有常规热力杀菌的热惯性，操作灵活方便，微波功率可调，传输速度从零开始连续可调，便于操作。
6、设备简单，工艺与常规方法相比，微波设备不需要锅炉、复杂的管道系统，煤场和运输车辆，只要具备水，电基本条件即可。
7、善劳动条件，节省占地面积设备的工作环境低、噪音小，地改善了劳动条件，整套微波设备的操作只需2-3人。
