清光绪帝的死因是一个历史谜团，被大众所普遍认同的是被毒死，下毒者是慈禧。
2003年，由中央电视台清史纪录片摄制组、清西陵文物管理处、中国原子能科学研究院和北京市公安局法医检验鉴定中心联合组成的专题研究课题组对光绪死因进行具体考证，经过长达五年的深入研究，得出光绪是中砒霜之毒而死的结论。至此，关于光绪死因的争论至此可盖棺定论。
光绪皇帝
那么，究竟是谁杀了光绪帝呢？其实分析这个问题必须回到根本，那就是若慈禧死后、光绪必将复出，那么问题来了，谁才是最害怕光绪帝复出的人？这显然是解题的关键。
满清末年，一直处于帝党与后党的争夺之中，自“戊戌变法”失败以后，帝党就彻底沦陷了，清廷完全成了后党一家独大。光绪帝彻底被架空，慈禧太后先是以光绪帝的名义拟旨昭告天下，宣布光绪帝染上重疾不能理政，将一切政务的处理大权，尽数交付给慈禧太后。
慈禧临终前
显然，戊戌变法是光绪一生最重要的拐点，至于戊戌变法的失败，光绪固然痛恨慈禧、荣禄等扼杀变法的对手，而实际上一面是慈禧将死，而荣禄早在一年前就已挂了，已经不在视线范围内了。很多时候，对手固然可恨，但是更加让人愤怒的是背叛者，这个背叛者正是大家耳熟能详的袁世凯，袁世凯由于在戊戌变法中告密获得了后党的信任，地位扶摇直上。1899年冬，袁世凯由工部侍郎升任山东巡抚，这是40岁的袁世凯首次出任封疆大吏。1901年11月，李鸿章死去，袁世凯受命署理直隶总督兼北洋大臣，次年实授，一跃而成为中外所瞩目的实力人物。
而戊戌变法之后，光绪帝被囚禁在瀛台。据说，在乏味的幽禁生活中，光绪帝每日除了吃饭睡觉和读书以外，唯一可做的便是在纸上画乌龟。然后，在纸的背后写上袁世凯的名字，并将画有“乌龟袁世凯”的纸贴在墙上当成靶子用竹签训练射击。待到纸张被竹签戳成筛子后，光绪帝便将纸取下来撕成碎片，且抛洒在空中。日复一日，年复一年，光绪帝始终诅咒着因出卖维新党而获得重用的袁世凯。
袁世凯
从慈禧临死前的政治局势看，袁世凯北洋集团势力的扩张，对掌握中央政柄的满洲亲贵集团的世袭地位构成严重威胁。1907年，袁世凯被调离北洋，到北京任军机大臣兼外务部尚书，成为中枢重臣，暂时与一手缔造的北洋集团从形式上分开。
因此，光绪帝若是复出，首先要对付的必然是袁世凯。正因为如此，最不愿意看到光绪帝复出的显然是袁世凯。一旦慈禧驾鹤西去，光绪帝的威望便不再有人可以阻挡，光绪极有可能直接下令处死袁世凯，而后的事实是慈禧、光绪先后去世之后，年幼的溥仪继位，改元“宣统”，其父载沣为摄政王，载沣尽管也对袁世凯非常痛恨，但自身威望不足，碍于袁世凯的势力，也只能解除袁世凯的官职，解除官职后的袁世凯依然受到北洋系大将的严密保护之中，载沣无可奈何。从这个意义上说，最不愿意看到光绪帝复出的正是袁世凯，因此，袁世凯最有理由成为杀死光绪帝的元凶。
据末代皇帝溥仪回忆：“我亲耳听到一个侍候光绪帝的老太监讲：‘光绪帝死前一天，只是用了一剂药，才变坏的。后来才知道这剂药是袁世凯送的。’”
溥仪的回忆其真实性有几分，我们不得而知。但袁世凯的动机却是显而易见的。
袁世凯称疾退隐之后，隐居于彰德（今河南安阳）洹上村，过起了赋闲垂钓的生活。并写了名为《自题渔舟写真二首》的两首诗，其中有一句“野老胸中负兵甲，钓翁眼底小王侯。”，字里行间，对于摄政王载沣鄙视之心跃然纸上。
