1、国家Ⅰ级重点保护野生动物：金丝猴、大熊猫、金钱豹、羚牛秦岭亚种、林麝、金雕、白肩雕、黑鹳、朱鹮共9种。
2、国家Ⅱ级重点保护野生动物：豺、黑熊、石貂、黄喉貂、水獭、大灵猫、金猫、鬣羚、斑羚、血雉、红腹角雉、勺鸡、白冠长尾雉、红腹锦鸡、红翅绿鸠、鸢、赤腹鹰、雀鹰、松雀鹰、普通鵟、大鵟、毛脚鵟、灰脸鵟鹰、秃鹫、白尾鹞、燕隼、红脚隼、红隼、红脚鸮、普通雕鸮、毛脚鱼鸮、斑头鸺鹠、鹰鸮、纵纹腹小鸮、灰林鸮、长耳鸮、大鲵、细鳞鲑、中华虎凤蝶华山亚种共39种。
3、陕西省重点保护野生动物：豹猫、狼、赤狐、猪獾、狗獾、花面狸、小麂、毛冠鹿、狍、苍鹭、大白鹭、豆雁、斑头雁、赤麻鸭、绿头鸭、斑嘴鸭、斑头秋沙鸭、红翅凤头鹃、画眉、三趾鸦雀太白亚种、酒红朱雀、蓝鹀、黄喉鹀、太白壁虎、王锦蛇、秦岭蝮蛇、秦巴北鲵、小角蟾、中国林蛙、金裳凤蝶、玉带凤蝶、金凤蝶、枯叶蛱蝶共33种。
4、“三有”保护动物（即国家保护的有益、有经济价值、有科研价值的陆生野生动物）：野猪、草兔、灰喜鹊、野鸡（环颈雉）、黄鼬等共267种。
5、国家Ⅰ级重点保护植物：红豆杉、南方红豆杉、独叶草、银杏（栽培）、水杉（栽培）、珙桐（栽培）、苏铁（盆栽）共7种。
6、国家Ⅱ级重点保护植物：秦岭冷杉、太白红杉、大果青杄、榉树、连香树、水青树、水曲柳、野大豆、鹅掌楸（栽培）、厚朴（栽培）共10种。
7、陕西省地方重点保护植物：狭叶瓶尔小草、太白贝母、假百合（太白米）、大苞黄精、延龄草、庙台槭（留坝槭）、秦岭藤、秦岭党参、猬实、星叶草、假橐吾、小丛红景天（凤尾七）、北极果、甘遂、山白树、串果藤、太白岩黄芪、羽叶丁香、翼蓼、钝叶单侧花、太白美花草、太白乌头、反萼银莲花、秦岭花楸、秦岭岩白菜、秦岭米面翁、刺榆、兜蕊兰、剑唇兜蕊兰、黄花白芨、留苏虾脊兰、短叶虾脊兰、三棱虾脊兰、银兰、头蕊兰、凹舌兰、珊瑚兰、杜鹃兰、蕙兰、春兰、毛杓兰、大花杓兰、西藏杓兰、火烧兰、大叶火烧兰、裂唇虎舌兰、天麻、小斑叶兰、手参、西南手参、长瓣角盘兰、羊耳蒜、沼兰、尖唇鸟巢兰、太白山鸟巢兰、一叶兜被兰、兜被兰、广布红门兰、二叶红门兰、北方红门兰、河北红门兰、硬叶山兰、二叶舌唇兰、小花舌唇兰、朱兰状独蒜兰、绶草、间距兰、蜻蜓兰共68种。
