一、设置军机处
议政王大臣会议威胁皇权，雍正七年（1729），设立军机处。
军机大臣均由钦定，完全听命于皇帝，只能秉承皇帝旨意办事，是机要秘书处。
军机处的设立，提高了清王朝的行政效率，军国大事皆由皇帝裁决，推行专制制度，君主专制制度发展到顶峰。
军机处，只有建议权，没有决策权，不能对皇权构成威胁。
军机处的职责是恭拟上谕，内外臣工所奏的旨、敕、议的，要经军机大臣审查；外臣的奏章，再书写一副本作为档案收藏。
二、督抚制度
在明代，地方分三司。有时中央政府都察院的都御史会临时派到地方去办事，所办理的是巡抚、总督等事。等事办完，仍回中央。明朝总督职责是督理军务、漕运、河务与盐政。巡抚职责是安抚军民，管理军政。督抚是朝廷派遣官，负有监察、劾地方官之责。
但到清代，四川、总督变成永久的，在布政使（藩台）、按察使（臬台）上再加巡抚、总督。督抚成为地方最高行政长官。乾隆中叶督抚分掌十八行省格局形成。计有：直隶、两江（江苏安徽江西）、闽浙、湖广（湖南湖北）、两广、云贵、陕甘、四川等8个总督。除直隶四川，其余16省各设巡抚1员。于是，布政使、按察使成为督抚属官，管理钱粮刑名等。而明代都察院监察御史巡按地方之制就废除了。
三、密折制
清代中央对行省官员的监察成了问题，清皇帝便采用密折制，让官僚相互牵制，皇帝亲自考察。
清朝的谕旨、造命，有四种：凡批内外臣工题本常事叫旨；颁将军、总督、巡抚、学政提督、总兵官、榷税使，叫敕，都由内阁撰写上呈。凡南北郊时享、祝版，祭告山川、大臣死事者祭葬文、后妃、宗室、王公册封，都由翰林院撰写上呈。
军机处拟上谕为主要。上谕有两种：巡幸、上陵、经筵、蠲赈，及内臣自侍郎以上，外臣自总兵知府以上，黜陟调补暨，晓谕中外，叫明发上谕（廷寄）。诰戒臣工、指授兵略、查核政事、责问刑法不当者，叫寄信上谕（廷寄）。明发交内阁，接着交部、科。寄信密封交兵部用马送。
四、清代在行政上的不合理不合法现象
①皇帝“寄信上谕”，由军机大臣承皇帝旨意拟定后，不经相关部、院大臣过目，直接送达受命人（兵部不能看）。
②各部尚书满汉各一人，皆向皇帝论事，侍郎亦直接向皇帝论本部事，不受尚书节制。结果各部门院长官不能办事，一切听皇帝指挥。
③除中央之部院长官与地方之督抚藩臬外，他人不得专折奏事，翰林院亦不例外，庶民更无上言之可能。与明代之广开言路大不相同。
④任官引见：大臣任命由皇帝决定，吏部不知道，亦无“廷推”。下级官员由吏部授任，但需引见。
⑤六科给事中已无封驳权。
⑥府州县立碑规定：生员不得言事、不得立盟结社、不得刊刻文字。
