巴基斯坦的母亲河是印度河，长约3180千米 ，平均流量6600 立方米/秒， 是尼罗河的两倍，是底格里斯河和幼发拉底河之和的三倍。
印度河上源为狮泉河（森格藏布），发源于冈底斯山脉冈仁波齐峰东北方向的切日阿弄拉山口西侧，位于中国西藏阿里地区革吉县境内，源头溪流名为邦果贡。印度河从喜马拉雅山脉朝西北方向流入克什米尔，就称为印度河，调头向南流入印度河平原，在巴基斯坦南部信德省的卡拉奇附近流进阿拉伯海。
有些印度人认为世界第三大洋称为印度洋，那印度洋就应该属于印度。有巴基斯坦人嘲笑说：“印度洋不属于印度，甚至连印度河也不属于印度。”印度有很多大河，比如著名的恒河、布拉马普特拉河，但印度河干流大部分河道却在巴基斯坦境内。
自雅利安人翻越伊朗高原，从兴都库什山脉和苏莱曼山脉之间的开伯尔山口进入这片大平原，一条名为Indus（印度河）的大河横亘眼前，古人便称这大块土地为India（印度）。
印度河在巴基斯坦是什么样的地位呢？举个例子，非洲埃及面积约100.1万平方千米，但大部分是沙漠和荒地，埃及约1亿人口（2021年）主要生活在世界第一长河尼罗河两侧。巴基斯坦面积约79.61万平方千米（不包括巴控克什米尔地区），人口约2.08亿（2021年），大部分人口生活在印度河及支流上。如果说尼罗河是埃及人的救命河，那么印度河就是巴基斯坦人的救命河，离开印度河，巴基斯坦就基本无水源可用了。
巴基斯坦三面环高山，从东北地区逆时针方向依次是喜马拉雅山脉、兴都库什山脉、苏莱曼山脉、吉尔特尔岭，一面是沙漠，东南方向是塔尔沙漠。
塔尔沙漠也称印度大沙漠，面积约20万平方千米，位居世界第十八，亚洲第三，是巴基斯坦与印度的天然分界线。
由于隔着塔尔沙漠，印度河下游完全在巴基斯坦境内，不过印度河中游东部的支流，则有一部分在印度境内。印度与巴基斯坦分别建国，两国关系紧张，印度曾给印度河支流断水，给巴基斯坦制造麻烦。
1960年，印度与巴基斯坦各退一步，签订《印度河水使用条约》。条约规定，西三河（印度河干流、杰纳布河、杰赫勒姆河）的使用权归巴基斯坦。东三河（拉维河、萨特莱杰河、比亚斯河）的使用权归印度。
印度河入海除了干流，还有部分岔流，因此印度河三角洲面积较大，达到4万平方千米以上。不过三角洲地势低平，上有洪水，下有海水倒灌，不是宜居之地，人口不到百万。近年来印度河中上游及支流修了很多水库，洪水得到控制，但水量减少后，三角洲的水盐度上升，淡水鱼也随之减少。
