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随着幻之都克芬再次沉没于大地之下，沙漠再次变会原来的绿色的土地，亚特鲁结束了在森德里亚的冒险。3年之后，23岁的亚特鲁再次踏上冒险的旅程。在巴雷西亚和多奇相遇之后，两人向着阿弗罗加前进。来到艾迪斯，在海港的酒场，亚特鲁遇见3年前在森迪里亚认识的蒂拉，还有她的父亲拉多克。
拉多克是被罗门帝国通缉的海盗，当时罗门帝国士兵发现他们并前来到酒场抓人，在混乱之中，亚特鲁和多奇也跟随他们逃走并坐上了海盗船离开艾迪斯。亚特鲁从拉多克口中得知关于迦南大漩涡的世界之后，打算跟随他们向着迦南大漩涡进发，打算用自己的双眼去确认未知的世界。亚特鲁等人乘坐的海盗船在亚托拉斯大海被罗门帝国舰队追截。由于帝国舰队闪电般的来袭，海盗船被追至接近大漩涡这个危险海域，拉多克只能孤注一掷将船驶向大漩涡。
处于混乱处境之中的海盗船，在大漩涡中失去平衡，蒂拉身边的船舷的木板也被吹了起来，在蒂拉快要被抛下大海之时，亚特鲁及时伸手抓住她并将她救起。不过换来的是，自己为了救蒂拉而被大漩涡巨大的引力吸进大海中……
掉进大海的亚特鲁被大漩涡卷走，漂流到一个远离艾雷西亚大陆的孤岛上——迦南诸岛。在这个布满森林和遗迹的岛屿上，住着一些名为列达族的精灵居民，而他们信奉的神明是一个名叫雅露玛的有翼人。列达族的巫女奥露哈和她妹妹伊莎，把漂流到岸边的亚特鲁救起，围绕着翼之民和迦南诸岛，亚特鲁的冒险日记再次写下新的一页——
亚特鲁在这个孤岛上找回了3块被偷的镜之碎片，列达族的圣物『镜』终于物归原主。来到港城利摩奇的亚特鲁与拉瓦重逢，并结识了来自艾坞洛贝的商人——巴司拉姆。在冒险的旅程中，亚特鲁在瑟米斯遇见了正在3根柱子上粘贴封印纸符的盖修，从盖修口中得知，有人正意图解开迦南诸岛外围的大漩涡封印。之后，在日出港湾，亚特鲁遇到失散的多奇和蒂拉等人，众人回到港城利摩奇。
就在众人为离开迦南诸岛找寻线索的时候，巴司拉姆和拉瓦等人前往圣地瑟米斯，但是巴司拉姆看柱子上的纸符不顺眼，于是叫手下将其撕开了。此时，迦南诸岛外围的大漩涡消失了。由于大漩涡封印的解除，罗门帝国舰队长驱直入来到迦南，并在利摩奇停泊。来到迦南的罗门帝国士兵占领了利摩奇，亚特鲁来到圣地瑟米斯，遇到了罗门帝国舰队副官——艾伦斯特，并亲眼看见他解封『方舟』。
从艾伦斯特口中得知：在亚托拉斯大海遥远的西方有一个众神之国——艾鲁迪恩。大约2000年前，雅露玛从艾鲁迪恩来到迦南，之后她在迦南制造一个可以操纵亚托拉斯大海气候的气象控制装置——纳比斯汀的方舟，并用艾玫拉司锻造了一把用作封印『方舟』的剑——『黑之键』。大约1000年前，在迦南诸岛上，信奉精灵神雅露玛的除了有列达族人，还有艾雷西亚人。不过在这些艾雷西亚人当中，部分人存有夺取神的力量以达到代替神的统治地位的意图。于是这些艾雷西亚偷取了具有神的力量的『黑之键』并解除了『方舟』的封印，即使这样，他们并没有得到神的力量，反而让『方舟』暴走，引起了洪水并且淹没了艾鲁迪恩。事败的这群艾雷西亚人带着『黑之键』逃离了迦南诸岛。最后，雅露玛艰难的将『方舟』重新封印并锻造了3把艾玫拉司剑，而迦南大漩涡也就在这时候出现了。筋疲力尽的雅露玛最后精神升华，自己的肉身化为了神像。艾伦斯特就是盗取《黑之键》的后裔。这次他来迦南的目的就是完成祖先的遗愿，用『黑之键』再次解封『方舟』，获得有翼人那般神的力量。
回到利摩奇，发现罗门帝国士兵疯狂搜捕列达族人，虽然在亚特鲁和蒂拉等人的帮助之下列达族人被解救出来，但是奥露哈的妹妹伊莎却被掳走了。艾伦斯特需要借助列达族巫女的神力来运行仪式，这样才能真正获得神的力量。而比起奥露哈，伊莎拥有的巫女神力更加强大。
获得3把艾玫拉司剑的亚特鲁具有和艾伦斯特手上的『黑之键』相抗衡的力量，而阻止艾伦斯特的阴谋的人也只有他。在奥多的指引之下，亚特鲁来到通往封印『方舟』地方的必经之路——废都奇修迦尔，在废都还遇见了盖修。原来他是艾伦斯特的弟弟，他为了阻止哥哥这种愚蠢的行径而来到迦南。由于奥露哈的帮助，亚特鲁和盖修来到了封印『方舟』的地方。虽然最后艾伦斯特被打败了，但是被解封的『方舟』再次像1000年前那样呈现出暴走状态，并意图再次发动洪水淹没艾雷西亚大陆。
激战的最后，亚特鲁打倒了『方舟』，一场足以毁灭整个大陆的危机再次被这位红发青年化解。
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